在這個世界中為了能夠營造出高中學校的生活,而出現了儘管不是人類、但其外表與行為都和一般人無異的NPC角色,這包括有學校裡的「普通」學生以及學校導師。為了能夠在一般的校園中與「天使」交戰,在死後世界戰線下面還有兩個部門負責協助作戰。其中包括以4名少女所組成、名叫「Girls Dead Monster」的樂隊,儘管其表面上看起來只不過是一個正常的女孩團體(All-female band),然而樂團的主要目的是當死後世界戰線從事其他任務活動時,負責轉移包括「天使」等學生以及教師的注意力。另一個支援性質的團體則為「公會」(Guild),其工作基地位在高中校園底下、死後世界的地底深處,主要是負責供應死後世界戰線拿來抵抗「天使」的各種武器裝備。由於在死後世界中人們得以直接利用收集而來的土塊,配合生前的記憶進而在這個世界中做出各式各樣的東西,而公會便利用這一特點開始大量生產死後世界戰線所使用的武器彈藥。
然而在死後世界戰線準備前往公會提領武器彈藥時,「天使」也同樣突然出現於該地下基地之中。儘管公會最後選擇將其新的武器製作工廠破壞,但公會的成員們仍成功在「天使」不知情的情況下改搬遷到舊基地的位置工作。隨著音無開始習慣死後生活的活動後,死後世界戰線也發起調查「天使」能力的任務行動,並由「Girls Dead Monster」負責吸引「天使」以及學校老師的注意。然而這場作為掩護的表演中突然在教師的阻止之下被迫暫停,作為「Girls Dead Monster」領導者的巖澤麻美(岩沢 まさみ)硬是進行了獨奏表演,在她彈出自己在昔日夢想中想要發表的音樂後便於大量觀眾眼前消失。而死後世界戰線在下一個行動中試圖影響「天使」於學校的地位,因此便在考試考場引發騷動藉此偷換考卷,在這次行動中除了成功讓「天使」失去學生會會長的地位,同時死後世界戰線也得知「天使」其真實姓名為立華奏(立華 かなで)。接任學生會會長一職者為先前的學生會副會長直井文人(なおい あやと),但直井一上任便對死後世界戰線展開大規模的搜捕行動,甚至利用催眠的方式控制NPC角色對死後世界戰線發動攻勢。最後音無成功阻止了這場衝突並表示他承認直井的存在,而直井亦在之後加入死後世界戰線行動的行列。在直井的催眠協助下音無也恢復自己的記憶,並同意繼續待在死後世界戰線之中。
然而就在此時,在校園內突然出現神秘的影子怪物並開始攻擊死後世界戰線成員。在交戰的過程中高松遭到「影子」的吞噬,之後當他重新被發目前已經成為了NPC角色。音無與其他死後世界戰線的成員會合包括「Girls Dead Monster」以及公會等成員,告知了有關這個世界的規則並要求他們自己選擇。最後所有成員同意與其變成NPC角色,還不如正視自己的過去且自這個死後世界中安然消失。另一方面,百合注意到這些「影子」是由NPC角色所變成的,而在調查的途中她再次回到地底下的公會聯絡通道中。在音無、奏、日向和直井的幫助下,百合最後在地底深處遇見了一名神秘男子。男子告訴她促使「影子」展開行動的因素是因為偵測到這個世界出現了愛,並提到在很久以前這裡的研發者已經將自己也變成NPC角色。儘管男子提到如果有人操縱該軟體的話便可以成為死後世界的神,但百合仍破壞了所有負責運作「影子」程式的電腦。在事件發生過3天之後,音無、百合、奏、日向以及直井是成為故事最後仍留在死後世界的人類,最後他們決定舉行一場畢業典禮並相互感謝對方的支持與幫助。隨著畢業典禮的尾聲直井、百合和日向一一消失,在故事最後音無得知奏的遺憾是未能感謝捐贈給她心臟的人,而那顆心臟便是音無在逝世後所捐贈的。奏向音無感謝他的幫助並消失,而這時已愛上奏的音無則不斷的哭泣。在動畫的最後場景轉換成現實世界,轉世後的音無和奏在街道上彼此擦身而過。突然音無聽到女孩哼著「Girls Dead Monster」歌曲的旋律,彷彿好像想起死後世界般的音無伸出他的手要碰觸少女的肩膀,此時螢幕場景則漸漸淡出。而在另一個替代的結局之中,音無則是繼續在死後世界中幫助人們完成自己的心願,並默默的等著一個人。